昌吉市人民医院始建于1952年，位于昌吉市城北，现址为昌吉市宁边西路135号，国家综合性二级甲等医院，占地面积2.6万平方米，业务用房面积4.4万平方米。昌吉市人民医院医疗救治中心体系建设项目位于昌吉市100号小区，总投资约7.6亿元，规划总建筑面积12.4万平方米，计划2026年内竣工并投入使用。

2023年6月，昌吉市人民医院总医院正式挂牌成立，由昌吉市人民医院与六工镇、滨湖镇、佃坝镇、阿什里乡卫生院及宁边路、绿洲路、中山路、延安北路社区卫生服务中心8家基层医疗机构及下设村卫生室整合组建。麻醉手术部、中医针灸科、心血管内科、产科、儿科为医院临床重点专科，其中产科、中医针灸科为昌吉州临床重点专科。

现为全国首批“千县工程”入选医院、首批全国县级医院品质麻醉试点医院、全国分娩镇痛优秀试点医院；是新疆第二医学院、甘肃中医药大学、甘肃河西学院等多所学校的实习基地和教学单位，是昌吉职业技术学院非直属附属医院。是福建国立华侨大学教学医院和华侨大学产学研教育基地，是泉州市第一医院建立技术协作医院，晋江市医院（上海市第六人民医院福建医院）福建省创伤专科联盟单位。2026年3月与自治区人民医院签订深化医疗卫生合作帮扶协议及专科托管协议，正式挂牌新疆维吾尔自治区人民医院昌吉医院。